Sinds 1994 is in de Pieterskerk het uit 1446 stammende orgel gerestaureerd. In 1639 en 1643 werd het orgel totaal gerenoveerd door de gebroeders Van Hagerbeer tot het huidige Van Hagerbeerorgel. De nieuwe hoofdkast werd vervaardigd door de Leidse stadsarchitect Arent van 's_Gravensande.

 Bij de restauratie is het orgel terug gebracht in de oorspronkelijke 17e eeuwse toonzetting. Hierover is gedetailleerd te lezen op de sites van de Pieterskerk en Verschueren Orgelbouw. Onze rol bij dit project is de coördinatie van de voorbereiding en begeleiding door de vele betrokken partijen zoals de Rijksdienst voor de Monumentenzorg, Instituut Collectie Nederland, Gemeente Leiden, externe orgeladviseurs, constructeurs, bouwfysici, en een energie-adviesburo. Vervolgens begeleiden en coördineren we de uitvoering door de vele partijen. De restauratie van het instrument is in 1999 afgerond. Na deze restauratie volgde het schilderwerk. Stichting Restauratie Atelier Limburg heeft onderzoek gedaan naar de opbouw van de verflagen op de orgelkas. Tijdens de restauratiewerkzaamheden is door Huub Kurvers van de Rijksdienst voor de Monumentenzorg een oorspronkelijke schildering gevonden op de hoofdstijlen van de kas, en deze is door hem blootgelegd. Op basis van de gevonden sporen is op het gehele orgel de schildering gereconstrueerd. Behalve de orgelkas zijn ook de orgelluiken worden beschilderd. Dr. Mieke van Zanten heeft hiervoor ontwerpen gemaakt. Pieter de Ruyter uit Delft en Hans Terhorst uit Amsterdam hebben de werkzaamheden uitgevoerd. Het werk is begin september 2009 afgerond.